Kurz nach der Meiji-Restauration kam es zu einer Reihe von Scharmützeln mit verärgerten Samurai. Akizuki war Schauplatz des letzten Aufstandes der Samurai gegen die neue Meiji-Regierung mit Akizuki no Ran (Der Akizuki-Aufstand). Japans ehemalige Samurai waren unzufrieden mit den Einschränkungen beim Tragen von Schwertern sowie mit der neuen Ausrichtung des Landes. Viele hatten das Gefühl, dass die Veränderungen vom westlichen Einfluss herrührten. Als Reaktion auf den Verlust des hohen Status und der wirtschaftlichen Privilegien der Samurai gründete Hyakuhachiro Imamura eine Gruppe von Kriegern, die als "Akizuki-Partei" bekannt wurde.
Drei Tage vor dem Akizuki-Aufstand fand im nahe gelegenen Kumamoto der "Shinpūren no Ran" (Shinpūren-Aufstand) statt. Der Armeekommandant von Kumamoto und der Präfekturdekan (auf Seiten der Meiji-Regierung) wurden getötet, aber der Aufstand wurde kurz darauf niedergeschlagen. Ein Botschafter aus Akizuki, der nur den ersten Tag miterlebte, kehrte jedoch schnell nach Hause zurück und berichtete, dass "die Shinpūren gewonnen hatten."
Als Reaktion auf diese Nachricht machten sich 200 Krieger aus Akizuki auf, um sich einem weiteren Aufstand in der Nähe von Toyotsu anzuschließen. Zwei Tage später trafen die Krieger in Toyotsu ein und mussten feststellen, dass ihre Verbündeten bereits im Gefängnis saßen. Am 31. Oktober wurde die in die Enge getriebene Akizuki-Partei aufgelöst und sieben der Anführer begingen Selbstmord. Regierungstruppen verfolgten die verbliebenen Rebellen und hielten sie am 24. November in und um Akizuki fest.
Am 3. Dezember verurteilte das außerordentliche Gericht in Fukuoka die Aufständischen. Imamura und sein Komplize Masuda, die als Drahtzieher galten, wurden noch am selben Tag enthauptet. 150 weitere wurden zu Haftstrafen oder Verbannung verurteilt. Im Akizuki Museum finden sich es auch Exponate wie das von Führungskräften geschriebene Todesgedicht.